W ramach tego systemu realizacji przewidziano komponenty pomocy technicznej we wszystkich programach operacyjnych zorientowane na wsparcie wdrażania poszczególnych programów.

Ponadto realizowany będzie horyzontalny POPT 2007-2013, którego celem jest wsparcie tych procesów oraz instytucji wchodzących w system realizacji NSRO, których wsparcie na poziomie poszczególnych programów operacyjnych albo nie może być realizowane, albo jego realizacja byłaby niezasadna.

POPT 2007–2013 obejmuje swoim zakresem wsparcie wszystkich horyzontalnych działań i procesów z zakresu przygotowania, zarządzania, wdrażania, monitorowania, oceny i kontroli realizacji NSRO, a także z zakresu wsparcia przygotowania projektów oraz rozpowszechniania informacji i promocji operacji funduszy strukturalnych w Polsce.

Celem nadrzędnym Programu jest zapewnienie sprawnego i efektywnego przebiegu realizacji NSRO. Zostanie on osiągnięty poprzez realizację celów szczegółowych, mających za zadanie możliwie skuteczną neutralizację słabych stron i zagrożeń, przy jednoczesnym jak najefektywniejszym wykorzystaniu mocnych stron oraz istniejących szans.

Cele szczegółowe POPT 2007-2013:
1. Zapewnienie sprawnej realizacji NSRO oraz wsparcie przygotowania przyszłych interwencji funduszy strukturalnych
2. Skuteczne rozpowszechnianie informacji i promocja NSRO oraz zapewnienie odpowiedniego przepływu i wymiany informacji pomiędzy uczestnikami procesu realizacji NSRO.